La única documentación ‘oficial’ sobre Pure Data está incluida en la página web de Puckette organizada en un archivo HTML: http://crca.ucsd.edu/~msp/Pd_documentation/index.htm#s2 (en inglés).
Creo que hubiese sido más cómodo que toda esa información estuviese compilada en un archivo pdf, de todas formas, no se trata de un manual, sino más bien de una guÃa de referencia. Como recurso de aprendizaje, me parece más útil el libro Theory and Techniques of Electronic Music, que se puede descargar en pdf o ver en HTML en http://crca.ucsd.edu/~msp/techniques.htm. Se trata de un documento escrito por el propio Puckette que habla sobre cómo usar técnicas electrónicas para grabar, sintetizar, procesar y analizar sonidos.
Cada capÃtulo del libro comienza con un discurso teórico o técnico, seguido de varios ejemplos realizados en Pd. Quizás es un texto demasiado complejo para quien no sepa nada sobre sÃntesis de sonido, pero creo que con un poco de atención se puede entender más o menos todo su contenido, o al menos lo suficiente como para realizar los ejemplos. Asà que recomiendo bajar el pdf e imprimirlo (siempre y cuando uno sea capaz de leer en inglés, claro): http://crca.ucsd.edu/~msp/techniques/latest/book.pdf